مجید در عملیات طریق‌القدس به شهادت رسید. گردانی که مجید در آن و در کنار پل سوبله وارد عمل شده، به محاصره نیروهای بعثی در آمد و تمامی آن برادران تا آخرین لحظه جنگیدند و به شهادت رسیدند.
به گزارش تارنمای مرکز اسناد و تحقیقات دفاع مقدس، دریابان علی شمخانی که در دوران دفاع مقدس قائم‌مقام سپاه بوده است بعد از شهادت شهید مجید بقایی در خصوص فعالیت های این شهید بزرگوار مطالبی را درمیان در تاریخ مطرح کردند.
مجید از ابتدای جنگ تحمیلی رسالت‌های گوناگونی بر عهده داشت و این خصلت تمام بلند سجده داران است که در رختخواب‌ها نمی‌میرند و مرگ در اتاق و روی تخت را بر خود خوار می‌دانند. من دکتر مجید بقایی را اولین بار در زمان طاغوت و در کوه‌های اطراف بهبهان و در میدان آموزش سلاح باصلابت، محکم، قاطع، شجاع، دلیر دیدم. در طول انقلاب هم با سایر برادرانش علیه منافقین، مزدوران و عناصر و مهره‌های رژیم طاغوت جنگید، او در اعدام انقلابی دو تن از مزدوران رژیم در تهران نیز دخالت داشت.
فعالیت‌های شهید بقایی از زبان برادر شمخانی
بعد از پیروزی انقلاب هم در جبهه‌های جهاد دانشگاهی و کتاب مشغول به کار شدند. با شروع جنگ تحمیلی مجید به‌عنوان نماینده سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در اتاق جنگ شرکت نمود اما فقدان حضورش در جبهه‌های جنگ به او، آن آرامش لازم را نمی‌داد؛ لذا با پیشروی نیروهای عراقی به درون خاکمان، جبهه شوش را برگزید. ایشان اولین فرمانده سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در شوش بودند. بعدازآن مجید با توجه به اینکه فرماندهی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی شوش را به عهده داشت، هرگز نتوانست حضور دوشادوش با نیروهای حزب‌الله بسیج مستضعفین را در جبهه‌ها از خود دور کند. بعد از عملیات شوش اولین کسی بود که در عملیات امام مهدی (عج) پیروزی را در جبهه شوش نصیب سپاه اسلام کرد، بعدازآن هم در عملیات‌های ثامن‌الائمه (ع)، طریق‌القدس، بیت‌المقدس، محرم و عملیات آینده‌ای که می‌رود به یاری پروردگار آن‌چنان نیرومند تا عمق خاک دشمن، تا سقوط بغداد به پیش رود، رل یک فرماندهی عظیم، آن‌هم با قرارگاه کربلا به عهده داشت. مجید در عملیات طریق‌القدس به شهادت رسید. گردانی که مجید در آن و در کنار پل سوبله وارد عمل شده، به محاصره نیروهای بعثی در آمد و تمامی آن برادران تا آخرین لحظه جنگیدند و به شهادت رسیدند. مجید تنها کسی بود که بعد از دو روز محاصره با خوردن سبزی‌های بیابان و با گذاشتن دست روی شن‌های داغ خوزستان، توانست از محاصره بیرون بیاید؛ از همان زمان مجید برای ما مجید شهید بود. در عملیات محرم هم مجید، قوای کربلا را هدایت می‌کرد؛ مجید عاشق نیروهای بسیج بود و بودن با نیروهای بسیج را برای خودش یک عبادت می‌دانست. مقاومت مجید در جبهه‌های جنگ همچون ایستادگی او در مقابل سجده‌های طولانی او بود: محکم و استوار و به دور از هرگونه ریا، آن‌چنان خالصانه در قبال خدا به رکوع و سجود می‌پرداخت که هر نمازگزاری که در کنار او نماز می‌خواند، جداً به حسد وامی‌داشت.
